Este edificio fue utilizado entre 1570 y 1820 por la Santa Inquisición que vino de España para velar por la pureza de la fe de los peruanos. Después de la expulsión de la institución, el Senado se estableció allí. El museo alberga una impresionante colección de objetos utilizados por la Inquisición para el interrogatorio y la tortura, así como representaciones en cera de tamaño real de los torturados. Las explicaciones necesarias sobre esta institución y sus actividades a lo largo de los siglos son muy didácticas y apasionantes.